Examens
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EXAMEN FINAL
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Examen intra
---- Mes solutions
- Lien turnin pour les remises: https://turnin.dinf.usherbrooke.ca/
Projet de session
5. Alignement multiple
Notes de cours
- Alignement multiple: Export de mes notes (mis à jour le 6 novembre)
Pour en savoir plus sur l'alignement multiple
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Chapitre 6 dans: https://www.comp.nus.edu.sg/~ksung/algo_in_bioinfo/
- Articles d'autres aligneurs non-discutés: ProbCONS | MAFFT | T-COFFEE
6. Phylogénétique
Notes de cours
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Phylogénétique: Export de mes notes (mises à jour le 19 novembre)
-- Inférence statistique: Export de mes notes
Pour en savoir plus sur la phylogénétique
- Slides de Nadia El-Mabrouk (UdeMontreal) pour les méthodes par distance et par caractère
- Chapitre 7 dans: https://www.comp.nus.edu.sg/~ksung/algo_in_bioinfo/
7. Prédiction de structure d'ARN
Notes de cours
- Intro à la prédiction de structure d'ARN (version .pptx)
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Algos de prédiction de structure: Export de mes notes
Pour en savoir plus sur la prédiction de structure d'ARN
8. Distances de réarrangement
Notes de cours
Exercices
Pour en savoir plus sur les réarrangements
- Chapitre 9 dans: https://www.comp.nus.edu.sg/~ksung/algo_in_bioinfo/
Archive des sujets passés
1. Distance d'édition / alignement de séquences
Notes de cours
- Alignement de séquences: Export de mes notes (mis à jour le 18 septembre)
- BLAST: Export de mes notes (mis à jour le 18 septembre)
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** Exercices sur l'alignement **
---- ** SOLUTIONS ** -
** Exercices sur BLAST **
---- ** SOLUTIONS **
- Cours du 5 septembre (un accès au groupe Teams est requis)
- Cours du 12 septembre
Pour en savoir plus sur l'alignement
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Needleman-Wunsch: alignement global en ligne
Smith-Waterman: alignement local en ligne -
Voir les excellentes présentations de Wing-Kin Sung (Chapitres 2 pour l'alignement, Chapitre 5 pour BLAST) :
https://www.comp.nus.edu.sg/~ksung/algo_in_bioinfo/ - Matrices BLOSUM | Matrices PAM
Pour en savoir plus sur BLAST
- Voir le Chapitre 5 de https://www.comp.nus.edu.sg/~ksung/algo_in_bioinfo/
- Voir aussi: https://ab.inf.uni-tuebingen.de/teaching/ws06/albi1/script/BLAST_slides.pdf
- Essayer BLAST (sur base de données NCBI)
- What's behind BLAST: article de Gene Myers, un des inventeurs de BLAST
2. Arbres de suffixes
Notes de cours
- Arbres de suffixes: Export de mes notes (mises à jour le 25 septembre)
Pour en savoir plus sur les arbres de suffixes
- Visualisation d'arbre de suffixes en ligne
- Voir le Chapitre 3 de https://www.comp.nus.edu.sg/~ksung/algo_in_bioinfo/
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Algorithme de Ukkonen
Description haut-niveau par D. Gusfield | Article original | Explications avec exemples sur Stackoverflow -
Algorithme de Farach-Colton
Article original | Voir Chapitre 3 de WK Sung -
Prétraitement pour LCA en temps O(1)
Prétraitement simplifié pour LCA en O(1) sur arbres binaires et hauteur bornée
3. Séquençage
Notes de cours
- Séquençage Sanger: Export de mes notes
- Algorithmes d'assemblage de reads: Export de mes notes
Pour en savoir plus sur le séquençage
4. Annotation de génomes avec HMM
Notes de cours
- HMM: Export de mes notes
Pour en savoir plus sur les HMM en bioinformatique
Matériel supplémentaire
Notions préalables sur la complexité et l'algorithmique
- Intro informelle à la notation O
- Vidéo - survol des notions de base en complexité
- Notes de cours de IFT436 (version de Michael Blondin)
- Notes de cours de IFT436 (version de Manuel Lafond)
- Mes enregistrements du cours IFT436 (été 2020)
- Livre "Introduction à l'algorithmique" (référence universelle en algo)